A Lei do CEBAS (Lei nº 12.101/2009) prevê que será considerada como atuação preponderante da entidade aquela definida como atividade econômica principal no CNPJ. Ou seja, se a entidade atua na educação esse campo deve conter código de atividades relacionadas à educação. Apesar dessa conclusão ser lógica é comum a existência de CNPJ sem sintonia com a atuação preponderante da entidade.
Em relação às atividades secundárias constantes no CNPJ, há orientação nos ministérios para realização de consulta nas demais pastas certificadoras quando detectado no CNPJ atividades em áreas diferentes da principal.